Il filtraggio rappresenta il "cuore" vero e proprio di un acquario ben funzionante. Dal filtro dipende la vita stessa del nostro "piccolo" ecosistema. Nell'acquario di acqua dolce, salvo esigenze particolari (ad esempio un acquario che ospita pesci di grossa taglia), il filtraggio dev'essere lento, ovvero l'acqua contenuta nella vasca, per essere completamente depurata, deve impiegare uno spazio di tempo sufficiente per permettere al filtro di compiere il suo dovere. La fase critica del filtro è all'inizio, ad acquario nuovo e con il filtro quindi non ancora maturo, privo cioè della flora batterica indispensabile per depurare l'acqua.